Wprowadzanie EM tylko doglebowo w celu zmiany właściwości gleby w większości przypadków nie da w pełni zadawalających rezultatów, jeżeli nie połączy się go ze stosowania EM w czasie wegetacji roślin. Dopiero połączenie tych dwóch sposobów stosowanie przynosi rewelacyjne efekty. Zastosowanie EM na rosnące rośliny powoduje zauważalną zmianę wyglądu roślin. W ciągu kilku godzin po zabiegu poprawia się barwa roślin -wszystkie kolory stają się bardziej intensywne. Uzyskujemy po tym zabiegu wyraźną poprawę kondycji rośliny, zwiększenie turgoru oraz przyspieszenie wzrostu. Obserwuje się zwiększoną tendencję do budzenia się uśpionych komórek roślinnych znajdujących się w pączkach śpiących (węzłach liściowych).
Opryskiwanie jest najczęstszą formą stosowania efektywnych mikroorganizmów w trakcie wegetacji większości roślin uprawnych. Najlepsze efekty uzyskuje się stosując zaprawianie materiału siewnego i sadzeniakowego wodnym roztworem EMa oraz kilkakrotny oprysk jedną z aktywnych form efektywnych mikroorganizmów podczas wegetacji roślin. Najczęściej stosowaną do oprysku formą aktywnych EM jest EMa oraz EM-5 (forma grzybobójcza) z dodatkiem wody jako rozcieńczalnika i nośnika. Dawka do jednorazowego oprysku wynosi od 20 do 30 litrów EMa lub od 1 do 1,5 litra EM 5 na 1 ha zmieszanych z wodą tak aby ilość cieczy roboczej wynosiła od 300 do 400 litrów na 1 ha. Oprysk można wykonywać na wszystkie rośliny uprawne. W przypadku roślin podatnych na choroby grzybowe należy stosować do oprysku przemiennie EMa i EM 5.